DOCUMENTATION

Towhee est une application de simulation moléculaire s'appuyant sur une méthode monte-carlo. La version compilée au méso-centre de l'UdS est parallélisée avec MPI.

La parallélisation est très simple, elle est guidée par un fichier towhee_parallel qui décrit le nombre de simulations indépendantes à lancer, puis le chemin vers ces simulations.

Ensuite, ces simulations sont réparties sur les processeurs disponibles. Dès qu'une simulation est finie sur un processeur, la suivante est placée sur le même processeur.

Pour utiliser Towhee, il faut charger le module correspondant :

module load towhee/towhee-8.2.3

Exemple de script de soumission pour lancer towhee :

#!/bin/bash

# Réservation de 1 noeud, utilisation de 1 coeur par tâche MPI
# Sur un noeud standard de 24 coeurs, 24 exécutions simultannées de towhee seront possibles.
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=1

module load towhee/towhee-8.2.3

mpirun towhee

Towhee s'attend alors à trouver un fichier towhee_parallel contenant par exemple un total de 48 exécutions de towhee :

#number of jobs
48
#stdout filename : dans chaque répertoire, le nom du fichier qui sera utilisé pour les sorties
par_answer_current 
#working directories
${HOME}/towhee_runs/Repertoire1
${HOME}/towhee_runs/Repertoire2
${HOME}/towhee_runs/Repertoire3
${HOME}/towhee_runs/Repertoire4
${HOME}/towhee_runs/Repertoire5
${HOME}/towhee_runs/Repertoire6
${HOME}/towhee_runs/Repertoire7
${HOME}/towhee_runs/Repertoire8
${HOME}/towhee_runs/Repertoire9
${HOME}/towhee_runs/Repertoire10
etc.
${HOME}/towhee_runs/Repertoire48

Ici les 2 jobs décrits dans les répertoires seront exécutés chacun sur 1 processeur.

S'il y a plus de jobs que de processeurs, ils seront exécutés dès qu'un des processeurs réservés sera disponible.

La sortie produite ressemblera à celle-ci :

Number of jobs: 24
Job # 1 [...]/Repertoire1/towhee_input
Job # 1 has 1 forcefield files
Job # 1 submitted to node 1 
Job # 2 [...] Repertoire2/towhee_input
Job # 2 has 1 forcefield files
[...]
Time for Job # 2 was 22.468156 seconds.
Time for Job # 1 was 21.523103 seconds.
[...]
Simulations complete 
Total Time: 22.470096 seconds.

Les champs de force standard de la distribution sont situés dans un répertoire que vous pouvez retrouver à l'aide de la commande :

echo $TOWHEEFORCEFIELDS

La documentation de towhee est par ailleurs accessible en ligne à l'adresse http://towhee.sourceforge.net/usersmanual.html

VERSIONS ET SCRIPTS D'INSTALLATION

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