HPC

DOCUMENTATION

Nous contacter afin de déployer votre clé ssh pour ce service.
N'oubliez pas d'ajouter cette clé à votre agent ssh si nécessaire quand vous vous connectez sur hpc-login.u-strasbg.fr.
Chargez le module Singularity : module load singularity/singularity-3.9.5

Créez un répertoire et aller dedans.
Créez un fichier de recette d'image <project_name>.def (par exemple : exemple.def)
Générez l'image Singularity avec le script suivant : hpc_login_gen.sh
L'image <project_name>.sif devrait être générée

singularity run <project_name>.sif

Ceci est un exemple simple de scipt sbatch :

#!/bin/bash

#SBATCH -n 8 # On demande 8 cœurs

module load singularity/singularity-3.9.5

singularity run <project_name>.sif

Soumettre le script sbatch :

sbatch my_script

Créer un fichier de recette à l'aide de l'exemple suivant : jacobi.def
Générer l'image Singularity avec le script suivant : hpc_login_gen.sh
Lancer l'image générée avec ce lien (bind) spécifique : singularity run --bind /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163:/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163 .sif

Créer un fichier de recette à l'aide de l'exemple suivant : bandwidth.def
Générer l'image Singularity avec le script suivant : hpc_login_gen.sh
Lancer l'image générée avec ces liens (binds) spécifiques : mpirun singularity run --bind /usr/local/openmpi/openmpi-3.1.3-i18:/usr/local/openmpi/openmpi-3.1.3-i18 --bind /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163:/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163 .sif

À partir d'une image Docker présente dans Docker Hub, créez votre recette <project_name>.def avec : Bootstrap: docker From: :

Créer une archive de votre image Docker : docker image save -o my_image.tar image_name:version
Écrire le fichier Singularity <project_name>.def correspondant :

Bootstrap: docker
From: hpc-singularity.di.unistra.fr:5000/<my_image>