DOCUMENTATION

Plus d'informations sur Elk sont disponibles ici : http://elk.sourceforge.net/#documentation

Pour utiliser ce logiciel, il faut charger le module correspondant à la version désirée :

module load elk/elk-5.2.14.i18

Voici un exemple de fichier d'entrée nécessaire au fonctionnement d'elk :

! Try and find the equilibrium volume of fcc copper by adjusting the scale
! parameter. The individual lattice vectors can also be scaled separately using
! scale1, scale2 or scale3. Remember that a previously converged charge density
! can be used to begin a new calculation, even at a different volume. This is
! done by setting task=1.

tasks
  0

avec
  0.5  0.5  0.0
  0.5  0.0  0.5
  0.0  0.5  0.5

scale1
  6.83117

scale2
  6.83117

scale3
  6.83117

scale
  0.96

! large cut-off is required for Cu
rgkmax
  8.5

lmaxapw
  10

gmaxvr
  14.0

sppath
  '/usr/local/elk/elk-5.2.14.i18/species/'

atoms
  1                                   : nspecies
  'Cu.in'                             : spfname
  1                                   : natoms
  0.0  0.0  0.0    0.0  0.0  0.0      : atposl, bfcmt

ngridk
  8  8  8

sppath correspond au répertoire où sont installés les "species" (ici Cu.in). Vous pouvez utiliser votre propre répertoire ou bien celui installé au méso-centre. Pour savoir où sont installés les species correspondants à la version d'Elk utilisée, vous pouvez taper la commande suivante :

echo $ELKSPECIES

Voici un exemple de script de soumission sur le méso-centre. Le job utilisera 2 nœuds complets, 1 processus MPI par nœud avec autant de threads OpenMP par processus qu'il y a de cœurs CPU sur le nœud :

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
#!/bin/bash

#SBATCH -N 2-2
#SBATCH --tasks-per-node=1 # On ne lancera qu'un process MPI par noeud, mais ce processus lancera plusieurs threads OpenMP
#SBATCH --exclusive

module load elk/elk-5.2.14.i18

export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_ON_NODE

mpirun elk

VERSIONS ET SCRIPTS D'INSTALLATION

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