DOCUMENTATION

Vous pouvez retrouver plus d'information sur cette suite de logiciels ici : http://ambermd.org

Pour utiliser la dernière version installée sur le cluster :

module load amber/amber-22.gcc11

Calcul parallèle

Voici un exemple de script de soumission pour lancer un calcul parallèle :

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#! /bin/sh
# 1 noeud 8 coeurs
#SBATCH -N 1-1
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH -o fichier_sortie
#SBATCH -e fichier_erreur

module load amber/amber-22.gcc11

mpirun sander.MPI [vos_arguments]

Calcul sur GPU

Voici un exemple de script de soumission pour calculer sur un GPU :

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#! /bin/sh
# 1 noeud 1 GPU
#SBATCH -p publicgpu       # File d'attente GPU
#SBATCH -N 1-1
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --gres=gpu:1       # Pour réserver une machine avec 1 GPU
#SBATCH -o fichier_sortie
#SBATCH -e fichier_erreur

module load amber/amber-22.gcc11

pmemd.cuda [vos_arguments]

VERSIONS ET SCRIPTS D'INSTALLATION

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