DOCUMENTATION
Une licence pour Amber14 a été financée sur les fonds de l'Equipex. Pour utiliser une version plus récente d'Amber, vous devez avoir votre propre licence.
Vous pouvez retrouver plus d'information sur cette suite de logiciels ici : http://ambermd.org
Pour utiliser la dernière version installée sur le cluster :
module load amber/amber18
Calcul parallèle
Voici un exemple de script de soumission pour lancer un calcul parallèle :
#! /bin/bash
# 1 noeud 8 coeurs
#SBATCH -N 1-1
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH -o fichier_sortie
#SBATCH -e fichier_erreur
module load amber/amber18
mpirun sander.MPI [vos_arguments]
Calcul sur GPU
Voici un exemple de script de soumission pour calculer sur un GPU :
#! /bin/bash
# 1 noeud 1 GPU
#SBATCH -p publicgpu # File d'attente GPU
#SBATCH -N 1-1
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --gres=gpu:1 # Pour réserver une machine avec 1 GPU
#SBATCH -o fichier_sortie
#SBATCH -e fichier_erreur
module load amber/amber18
pemd.cuda [vos_arguments]
VERSIONS ET SCRIPTS D'INSTALLATION
- amber18 (latest)
- amber14-gnu48
- amber14
TAGS
- software