DOCUMENTATION

Une licence pour Amber14 a été financée sur les fonds de l'Equipex. Pour utiliser une version plus récente d'Amber, vous devez avoir votre propre licence.
Vous pouvez retrouver plus d'information sur cette suite de logiciels ici : http://ambermd.org

Pour utiliser la dernière version installée sur le cluster :

module load amber/amber18

Calcul parallèle

Voici un exemple de script de soumission pour lancer un calcul parallèle :

#! /bin/bash
# 1 noeud 8 coeurs
#SBATCH -N 1-1
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH -o fichier_sortie
#SBATCH -e fichier_erreur

module load amber/amber18

mpirun sander.MPI [vos_arguments]

Calcul sur GPU

Voici un exemple de script de soumission pour calculer sur un GPU :

#! /bin/bash
# 1 noeud 1 GPU
#SBATCH -p publicgpu       # File d'attente GPU
#SBATCH -N 1-1
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --gres=gpu:1       # Pour réserver une machine avec 1 GPU
#SBATCH -o fichier_sortie
#SBATCH -e fichier_erreur

module load amber/amber18

pemd.cuda [vos_arguments]

VERSIONS ET SCRIPTS D'INSTALLATION

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