DOCUMENTATION

Vous trouverez plus d'informations sur AlphaFold ici.

Pour l'utiliser, il faut charger le module correspondant à la version souhaitée :

module load alphafold/alphafold-2.3.2

Les différentes bases de données d'AlphaFold sont stockées dans le répertoire $ALPHADBDIR, cependant, le script run_alphafold.sh les trouvera automatiquement.

Voici un exemple de script pour lancer une simulation avec AlphaFold sur un nœud complet avec 4 GPUs :

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#!/bin/bash

#SBATCH -p publicgpu
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=1 # Réservation de 1 noeud, utilisation de tous les cœurs du nœud
#SBATCH --gres=gpu:4 # 4 GPUs
#SBATCH --constraint=gputc # Il est recommandé d'utiliser des nœuds possédant des tensor cores

module load -s alphafold/alphafold-2.3.2

RUNDIR=chemin/vers/votre/répertoire/de/travail
OUTDIR=chemin/vers/votre/répertoire/de/sortie
INFILE=chemin/vers/votre/fichier.fasta
TEMPLATE_DATE=template_date #format yyyy-mm-JJ

cd $RUNDIR

run_alphafold.sh --max_template_date=$TEMPLATE_DATE --output_dir=$OUTDIR --fasta_paths=$INFILE --use_gpu_relax=TRUE --db_preset=full_dbs

VERSIONS ET SCRIPTS D'INSTALLATION

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