DOCUMENTATION
Vous trouverez plus d'informations sur AlphaFold ici.
Pour l'utiliser, il faut charger le module correspondant à la version souhaitée :
module load alphafold/alphafold-2.2.0.g10
Les différentes bases de données d'AlphaFold sont stockées dans le répertoire $ALPHADBDIR.
Voici un exemple de script pour lancer une simulation avec AlphaFold sur un nœud complet avec 4 GPUs :
#!/bin/bash
#SBATCH -p publicgpu
#SBATCH -N 1 --cpus-per-task=1 # Réservation de 1 noeud, utilisation de tous les cœurs du nœud
#SBATCH --gres=gpu:4 # 4 GPUs
#SBATCH --constraint=gputc # Il est recommandé d'utiliser des nœuds possédant des tensor cores
module load alphafold/alphafold-2.2.0.g10
RUNDIR=chemin/vers/votre/répertoire/de/travail
INFILE=$RUNDIR/fichier.fasta
cd $RUNDIR
run_alphafold.sh -d $ALPHADBDIR -o $RUNDIR -f $INFILE -t 2020-05-14 -a 0,1,2,3 # On doit préciser à alphafold qu'on utilise les 4 GPUs sinon il n'en utilise qu'un
VERSIONS ET SCRIPTS D'INSTALLATION
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- software