DOCUMENTATION

R est un logiciel libre de traitement des données et d'analyse statistiques mettant en œuvre le langage de programmation S. Pour plus d'informations, voir le site du projet ici.

Pour l'utiliser, il faudra charger le module suivant :

module load R/R-3.6.1

Voici un exemple de script de soumission d'un script R :

#!/bin/bash

#SBATCH -n 8           #Nombre total de coeurs
#SBATCH -N 1-1        #Nombre de noeuds Min-Max

source $HOME/.bashrc

module load R/R-3.6.1

R CMD BATCH MonScript.R

Vous pouvez installer vous-mêmes les packages dont vous avez besoin. L'installation doit se faire à partir de hpc-login (les nœuds de calcul n'ont pas accès aux dépôts distants) avec la commande R suivante :

install.packages("mon_package", dependencies = TRUE, repos = "http://cran.rstudio.com/")

N.B. : Si vous utilisez R pour lancer des calculs non parallèles en très grand nombre, il est recommandé d'utiliser l'outil hpc_multilauncher installé au méso-centre.


VERSIONS ET SCRIPTS D'INSTALLATION


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